Naxçıvan Dövlət Universitetinin əsas struktur sahələrindən birini Əcnəbi təhsilalanlarla iş və hazırlıq mərkəzi təşkil edir.Bu mərkəz universitetdə təhsil almağa başlayan xarici vətəndaşların hazırlıq kurslarını təşkil edir, eyni zamanda ayrı-ayrı fakültələrdə bakalavriat, magistratura və doktorantura səviyyələri üzrə təhsil alan xarici tələbələrin bütün qayğı və problemlərinin həlli ilə məşğul olur. Hazırlıq kurslarında xarici dinləyicilər Azərbaycan dili ilə yanaşı seçdikləri ixtisaslara uyğun olaraq baza fənləri də tədris edilir. Hazırlıq kursunun sonunda dinləyicilər buraxılış imtahanı verirlər. Buraxılış imtahanlarından müvəffəq qiymət alanlar seçdikləri ixtisaslar üzrə birinci kurslara qəbul olunurlar.
Universitetdə əcnəbi vətəndaşların təhsili ödənişli əsaslarla həyata keçirilir. Təhsil haqqı təhsilin pilləsi və ixtisasdan asılı olaraq dəyişir.
