1997-ci ildə Naxçıvan Dövlət Universitetində şöbə kimi fəaliyyətə başlayan magistraturaya ilk qəbul aparılmış və 7 ixtisaslaşma üzrə 27 nəfər magistr qəbul olunmuşdur. Həmin dövrdən 2000-ci ilədək magistratura şöbəsinə kimya elmləri doktoru, professor Yasin Babayev rəhbərlik etmişdir. Sonrakı dövrlərdə magistraturaya qəbul aparılan ixtisaslaşmaların sayı ilbəil artmağa başlamışdır. Artıq 1999-2000-ci tədris ilində 12 ixtisaslaşma üzrə 32 magistr qəbul olunmuşdur.
2000-2008-ci illərdə magistratura şöbəsinə dosent Musa Piriyev rəhbərlik etmişdir. 2002-ci ildən başlayaraq magistratura təhsil səviyyəsində qiyabi təhsilin də aparılmasına icazə verilmişdir, buna görə də 2002-2003-cü tədris ilində universitetdə qəbul aparılan ixtisaslaşmaların sayı əyani təhsil üzrə 34 və qiyabi təhsil üzrə isə 10 olmuşdur.
2008-cı ildən dekanlıq kimi fəaliyyətə başlayan magistraturada ixtisaslaşmaların sayı və qəbul olunan magistrantların sayı daha da artmışdır.
2008-2012-ci illərdə Naxçıvan Dövlət Universitetində Magistratura üzrə dekanlığa dosent Elbrus İsayev rəhbərlik etmişdir.
2008-ci ildə dekanlıq kimi fəaliyyətə başlayan strukturda dekan müavini ştatı yaradılmış və 2010-cu ilə qədər bu vəzifədə dos. Orxan Cəfərov çalışmışdır. 2010-cu ildən 2019-cu ilə qədər dekan müavini, indi isə direktor müavini vəzifəsində dos. Asəf Əliyev çalışır.
2012-ci ildən 2023-cü ilin iyun ayınadək Magistraturaya biologiya üzrə elmlər doktoru, professor Etibar Məmmədov rəhbərlik edib.
2023-cü ilin iyul ayından Quliyev Çapay Qadir oğlu Magistratura və Doktorantura mərkəzinə rəhbərlik edir.
E-mail: capayquliyev@ndu.edu.az
